TV2003重制版，是为庆祝EVA企业十周年而重置的版本，画面和音效都有提升。在TV95版的基础上重制了21-24四话重制的部分称作“Video”。加上原有的26集，03版共26话，一共30集。这个版本中21与22，23与24，25与26，27与28都是相同的内容。只不过21，23，25，27和原来一样，而22，24，26，28中增添了一些新的东西。突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现ccc

故事发生在一座名为堕天城的城市之中，它夹在天堂和地狱之间，是一座充满了危险和奇遇的城eee。近日来，城市里出现了邪恶的恶灵，他们依靠袭击市民们为生，这令市民们人心惶惶人人自危。　　Panty（小笠原亚里沙配音）和Stocking（伊濑茉莉也配音）本是两位天使，却因为他们桀骜不驯的作风而被逐出了天堂，来到了堕天城。在这里，姐妹两人遇见了名为Garterbelt（石井康嗣配音）的神父，在这位拥有着神秘过去的神父的带领下，Panty和Stocking成为了恶灵狩猎者，通过狩猎恶灵得到天堂金币，当天堂金币积攒到了一定的数量之时，Panty和Stocking便可以借此重新返回天堂。就这样，两人在堕天城的日常就此拉开了序幕。

在外人看来，宫则雪野（榎本温子配音）品学兼优，性格开朗，乐于助人，是个无可挑剔的完美女ddd。可是一旦回到家里，她便立刻褪去伪装，穿着邋遢，脾气暴躁，最让人咋舌的是，雪野对于他人赞美的虚荣心膨胀到了极限。偶然中，雪野的双重性格被同班同学有马总一郎（铃木千寻配音）发现了。但是，有马总一郎并没有因此而厌恶雪野，反而渐渐的被这样的双重性格所吸引。这究竟是为什么呢？原来，有马也有着属于自己的秘密。有马出生于医学世家，性情温和成绩优异。这样的他总是能得到大家的目光，但这目光同时也带给了他很大的压力。为了维持昔日的完美形象，他不得不掩盖其他那扭曲的黑暗性格，这让他身心俱疲。这样的有马遇见了雪野，痛苦的他逐渐意识到，其实他并不用时时刻刻都带着虚假的面具，起码在雪野面前可以不必如此。彼男和彼女之间，一丝特殊的情愫正在慢慢生长。

本田透是一个天真、善良、迷糊的高中女生，从小与妈妈相依为eee。但一场车祸夺去了妈妈的生命，让小透成了一个孤儿，她带着全部家当搬到山林里，过起了林间独居的帐篷生活。在命运的安排下，小透无意中走进了一个古老大宅，邂逅了奇怪的男子草摩紫吴。原来他是草摩由希的表哥，而由希又是学校里一致公认的王子，这间大宅正是由希的住所。当天晚上林间土石塌方，小透所住的帐篷被土石掩埋，幸好由希和紫吴将她及时救出，让她暂时住进他们的大宅里。　　草摩家族几百年的秘密被小透发现，由希、紫吴等人只要被异性拥抱，就会立刻变身为十二生肖中的对应生肖。另一个神秘的少年阿夹，不仅变身为猫而且还隐藏着这个家族中更大的秘密。草摩家族的当家人发令，必须消除知道真相的小透的记忆。而小透一句“就算我的记忆消除了，请你还是继续和我做朋友”感动了由希、阿夹等人，她更像一缕温暖的阳光，照亮了阴雾重重的草摩家族。

阴云密布的本能町，在神秘恐怖的本能字学园，高高在上的学生会长鬼龙院皋月（柚木凉香配音）只手遮天，她通过“极制服”统领校内的学生，极制服由所佩戴的星星数量分级，级别越高拥有的战斗力就越强。这一天，一个背着单片太刀剪的女孩出现在本能字学园门口。她叫缠流子（小清水亚美配音），为了调查杀害父亲的真正凶手而来到这个凶险的所在。谁知她刚刚到来不久，便遭到蟇郡苛（稻田彻配音）、猿投山渦（桧山修之配音）等学生会四天王的阻击。 　　关键时刻，缠流子意外得到父亲制作的黑色神衣，由此战斗力大增。连番激烈的战斗在本能字学园展开…ccc